W "Spider-Man: Battle for New York" głównym przeciwnikiem Człowieka Pająka jest Zielony Goblin. Gra ta kontynuuje fabułę z serii "Ultimate" - Peter Parker jest nastolatkiem, a Norman Osborn jest fizycznie przemieniony w potwora, a nie tylko za niego przebrany. Gra zaczyna się w momencie gdy Osborn – naukowiec – zdobywa wideo, na którym widać jak Peter Parker zostaje ukąszony przez radioaktywnego pająka i odkrywa dzięki niemu prawdziwą tożsamość Spider-Mana. Za pomocą stworzonego przez siebie serum zmienia się w Zielonego Goblina i rozpoczyna realizacje swojego planu pozbycia się Spider-Mana raz na zawsze!

Po ucieczce z więzienia S.H.I.E.L.D. Zielony Goblin postanawia pomóc Kingpinowi zawładnąć Nowym Yorkiem. Chcą to osiągnąć przemieniając ulicznych gangsterów w swoich "nad-żołnierzy". Największą przeszkodą na ich drodze jest Spider-Man.

Podobnie jak w grze "Ultimate Spider-Man", która ukazała się na inne platformy, kierować będziemy obiema głównymi postaciami, a każdą z postaci kieruje się trochę inaczej, mają inne cechy, wyposażenie i umiejętności (sieć pająka czy ogniste kule goblina). Za uzyskane podczas gry punkty zdobywa się nowe, wybierane przez siebie umiejętności i specjalne ataki – to gracz decyduje w jaki sposób ma się rozwijać jego postać.